שמות המשפחה שלהם מעוררים אימה ופלצות… גרינג, הימלר, הס."ילדי היטלר" מביא, לראשונה אל המסך, את צאצאיהם של אלו שלחשו על אוזנו של היטלר – הקצינים המשפיעים ביותר במשטר הנאצי, שהשאירו אחריהם מורשת מפלצתית אשר תקשור אותם לצמיתות לאחד הפשעים הגדולים ביותר בהיסטוריה האנושית. ב"ילדי היטלר" הם חושפים אל מול המצלמה את הקונפליקט בו מתנהלים חייהם עת מצד אחד הם חשים את הקשר הטבעי למולידיהם ומצד שני התמודדותם עם תחושת האשם והאחריות למעשיהם הנפשעים של הוריהם.לאורך הסרט יתברר שהחיים הולידו מפגשים טעונים ובלתי צפויים בין "ילדי היטלר" ומשפחות קורבנות השואה. במהלך למעלה משישים השנים שחלפו הצטלבה, מסתבר, דרכם של בני המחוללים עם בני הניצולים והולידה דיאלוג חדש, חריף ומרתק.
בין המצולמים ב"ילדי היטלר": בנו של האנס פרנק, מושל פולין, אשר נוסע ברחבי גרמניה להיפגש עם בני נוער, לספר על הזוועות שחולל אביו ולהזהירם ממפלגות הימין הקיצוני, בתו של אמון גת, מפקד מחנה פלאשוב הזכור לשמצה מהסרט "רשימת שינדלר", אחייניתו של היינריך הימלר שנישאה לבחור יהודי-ישראלי בן לניצולי שואה, בטינה גרינג אחייניתו של הרמן הרינג שבמסגרת הניסיון להתנתק מהעבר האפל של משפחתה עשתה, ביחד עם אחיה, ניתוח עיקור כדי "לעצור את שרשרת "גרינג"" וריינר הס, נכדו של רודולף הס, מפקד מחנה אושוויץ, המגיע לראשונה לבקר במחנה ובוילה בה התגוררה המשפחה במהלך המלחמה וגידלה את ילדיה כשזוועות המחנה והקרמטוריום במרחק מטרים ספורים מהם.